上海合作组织成员国安全会议秘书会议机制于2004年6月建立，是上合组织安全合作的协调和磋商机制。其主要任务是研究、分析上合组织成员国所在地区安全形势；确定上合组织安全合作方向；协调成员国在打击“三股势力”、贩毒、非法武器交易、跨国有组织犯罪等方面的合作；向元首理事会提出开展安全合作的建议，协助落实峰会通过的安全合作决议等。

安全会议秘书例会在成员国间轮流举行。经两个以上成员国提议和其他所有成员国同意，可举行非例行会议。会议由主办国安全会议秘书主持。上合组织成员国国家协调员、上合组织秘书长、上合组织地区反恐怖机构执委会主任可列席会议。迄今，安秘会已举行六次：

第一次于2004年6月4日在乌兹别克斯坦塔什干举行，主要研究了本组织成员国合作打击“三股势力”、禁毒、应对大规模杀伤性武器的危险以及其他威胁本地区和全球安全稳定的问题。

第二次于2005年6月2日在哈萨克斯坦阿斯塔纳举行，主要研究了成员国合作应对新挑战、新威胁，打击非法贩运武器、弹药、爆炸物，反洗钱等问题。

第三次于2007年5月25日在吉尔吉斯斯坦比什凯克举行，主要研究了本组织成员国对威胁本地区和平、安全与稳定的局势的联合反应措施和机制，2008年北京奥运安保问题，以及国际信息安全等问题。

第四次于2009年5月20日在俄罗斯莫斯科举行，主要研究了世界金融危机对国际、地区安全的影响和应对举措，加强成员国同观察员国的反恐合作，建立突发事件应急机制等问题。

第五次于2010年4月23日在乌兹别克斯坦塔什干举行，主要研究了促进吉尔吉斯斯坦局势稳定、打击“三股势力”、打击毒品走私、上海世博会和广州亚运会安保合作、油气管道安保合作等问题。

第六次会议于2011年4月29日在哈萨克斯坦阿斯塔纳举行，主要研究了维护地区稳定、深化禁毒和信息安全合作、同国际和地区组织开展安全合作等问题。

第七次会议将于2012年4月12日在北京举行，主要议题包括：关于维护上合组织及其周边地区安全；关于打击恐怖主义、分裂主义和极端主义、毒品走私、跨国有组织犯罪和网络犯罪；关于同其他国际和地区组织开展安全合作；关于完善上合组织应对威胁地区和平、安全和稳定事态的机制；关于拟提交2012年上合组织峰会的安全领域文件草案；关于上合组织地区反恐怖机构工作。