《菲律宾星报》26日引述菲海岸警队发言人巴里罗的话说，菲媒所谓“菲国家调查局初步调查认为海警人员扫射台渔船可能涉嫌过度使用武力、违反交火原则”的报道“尚属臆测”，“现在认定海警人员执法上有疏失，尚为时过早，因为正式调查报告还未完成”。与此同时，越来越多的菲政界人士加入声讨阿基诺三世的行列，呼吁政府快速回应台湾方面提出的司法协助要求，妥善解决渔民被射杀问题。有议员质疑：“台湾方面已经展现出联合调查的调停姿态，我们没有理由不同意。除非我们在掩饰什么。”

　　《菲律宾星报》25日引述接近该调查消息人士的话称，菲方对海警射杀台湾“广大兴28号”渔民案的初步调查发现，涉案海警人员有过度使用武力、违反交火规则之嫌。该匿名人士说，根据交火规则，海上执法人员不得随意对空鸣枪，若证实“广大兴28号”渔船船身的50多个弹孔是菲海警开枪所致，相关人员则涉嫌“过度使用武力”，而海警人员在开枪后驶离、未登船检视受害者，则属失职，可能面临刑事及行政诉讼。报道称，菲方的最终报告要等完成在台湾的调查才能公布。

　　对此，菲律宾海警发言人巴里罗26日通过《菲律宾星报》称，“相关媒体报道仍是臆测，我们应等国家调查局最终报告出炉，我们必须了解国家调查局援引哪些环节为依据”，“如果国家调查局说我们的行为失职，它必须解释原因。我们尊重调查局的发现，将在合适的时间和场合作出回应”。

　　据“中央社”26日报道，均由8人组成的台湾调查团和菲律宾调查小组27日将分别前往对方地，展开平行调查。菲调查团将检视“广大兴28号”渔船、走访目击者，若取得家属同意，还将勘验遭射杀身亡的台湾渔民洪石成的尸体，检视死者解剖报告与全案相关录像。台湾调查小组除登船、验枪外，可检视事发录像数据、协助讯问涉案人员、检视笔录、航程纪录等。

　　《菲律宾每日问询者报》25日称，菲政府对该案的态度一再改变，阿基诺政府最早以“一中原则”为由拒绝同台湾联合调查，之后又同意；台湾调查团观看案发录像片段的要求最先也被拒绝，后来菲司法部长德利马表示，录像带内容相当具“揭示性”，最终批准台湾调查人员观看。